Iscritti non colorati, infiltrati, partecipanti che ripetevano più volte il percorso per colorarsi sempre di più, orinatoi a cielo aperto, bottiglie di birra lungo il percorso e TrenItalia impreparata: non sono mancate le polemiche su Facebook fioccate sin dall'arrivo dei primi partecipanti.

Su diverse pagine tematiche triestine, tra cui "Te  Son de Trieste", alcuni iscritti hanno lamentato, con tanto di foto, di non essere stati adeguatamente colorati (o lasciati al naturale) in quanto i colori erano terminati anzitempo affermando che si recheranno all'Associazione dei Consumatori per approfondire la questione.

Non sono mancati neanche coloro che, non essendo iscritti, si sono riversati lungo il percorso per partecipare senza regolare iscrizione ma mimetizzandosi nella folla ed approfittando così dei diversi vantaggi degli iscritti (molti dei quali come detto sono poi rimasti senza colori).

Un cospicuo numero di ragazzi inoltre ha ripercorso più volte il tragitto di gare per sporcarsi ulteriormente ed essere così ancora più appariscenti (non spendendo così successivamente per comprare ulteriori bustine di colore a parte).

Un altro lettore ha segnalato che «una marea di ragazzi, attorno ai venti anni che ha lasciato numerose bottiglie di birra lungo il percorso, calciato inoltre il proprio bicchiere e buttando le fiaschette di succo per terra». Lo stesso ha portato a conoscenza  »del vergognoso spettacolo che alcuni elementi di sesso maschile hanno rifilato ai runners che hanno orinato elegantemente ai lati della strada a dieci metri dai gabinetti chimici»..

Anche TrenItalia ci ha messo lo zampino:impreparata difronte la quantità di persone accorse in città per la Color Run, il treno serale per Udine è partito con ben due ore di ritardo. Per tamponare l'emergenza, è stato istituito un treno straordinario.